La candidiasis son un grupo de infecciones oportunistas causadas por levaduras del género Candida. Existen diferentes especies involucradas en este tipo de micosis, siendo de mayor prevalencia en infecciones superficiales y profundas la especie Candida albicans. Sin embargo, en la última década se ha visto un aumento progresivo de Candidiasis causadas por diversas especies de Candida no albicans. Actualmente la clínica de la Candidiasis se fundamenta en métodos de microbiología tradicional, los cuales dependen del tiempo de replicación del microorganismo, así como de la calidad de la muestra colectada, este tipo de aproximación tiene inconvenientes de sensibilidad y de oportunidad en el tiempo de identificación, para contribuir a la búsqueda de métodos que permitan un diagnóstico rápido y especifico de infecciones fúngicas de múltiple etiología, en la última década se ha recurrido a métodos moleculares basados en la amplificación simultánea y masiva de secuencias de DNA en el PCR MÚLTIPLEX. En este estudio, se realizó el diseño de una PCR Múltiplex, para la identificación en una única reacción las 5 especies de Candida (Candida albicans- Candida parasilopsis- Candida Krusei- Candida tropicalis- Candida guillermondii) de mayor importancia a nivel clínico. Para el diseño de las secuencias cebadoras fueron tomados como blancos los siguientes genes: ITS2 (Región transcrita interna) para Candida albicans y TOPII (Topoisomerasa II) para Candida krusei, Candida guillermondii, Candida tropicalis, Candida parasilopsis. Las cepas utilizadas para los ensayos in vitro fueron seleccionadas a partir de 50 cultivos procedentes de pacientes con micosis superficiales y profundas, identificados como positivo para Candida spp, los cuales para su identificación fenotípica fue utilizado el Sistema Automatizado para Microbiología de BD (Becton Dickinson) Phoenix™, como controles fueron usados cepas ATCC. El análisis mediante gel de agarosa al 1,8 % evidenciaron el siguiente perfil electroforético: Candida albicans (206 pb), C. guillermondii (244 pb), C. tropicalis (474 pb), C. parasilopsis (558 pb); en conclusión podemos afirmar que el ensayo de PCR Múltiplex diseñado resultó favorable para todas las secuencias blanco, con una adecuada resolución de bandas en geles de agarosa.